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水神共工为了争夺人间的主导权，与水神祝融发动了一场大战。共工撞倒了托举苍天的不周山，导致天河倾泻，洪水泛滥。共工企图用洪水控制人类。
鲧受命治水，为堵住洪水，鲧偷盗天物息壤，被天雷劈死。死后尸体化成一座大山，大山孕育了禹。禹出生后，结识了庚辰、伯益，和修行五百年的耳鼠，并救下受伤的应龙。舜将禹等带回都城，培养成才。正值洪灾加剧，舜不得已派禹等人治水。共工得知此事，率领一群妖神一路阻难。
禹经过涂山，邂逅女娇，坠入了爱河，却发现女娇中了共工手下无支祈的魔咒，即将变成石头。大禹毅然与女娇结婚。在变成石头前，女娇魔咒解除，还将开山斧交给禹。无支祈大怒，掳走禹的部下竖亥。禹救出竖亥，并将无支祈镇压在淮河。然后告别女娇，前往黄河治水。共工早已在黄河和去黄河的路上设下圈套。历经艰险与失败后，禹终于找到了治水方法——堵不如疏，破了共工的局，解决了黄河水患。正当禹要与女娇团聚时，又传来旱魃作乱、赤地千里的消息。禹打败旱魃，结果水火失衡，导致共工力量突增。共工召唤出九头蛇怪相柳进攻都城，又放出无支祈水淹涂山。是拯救天下百姓，还是去救女娇，两难之中的禹最后选择了前者，消灭了相柳。而女娇在无尽的等待中心死，变成石头。此时相柳尸体又化成毒液，即将流毒天下，禹不得不重走父亲老路，偷盗息壤，堵住了毒水。天将问罪，鲧为禹挡住天雷，粉身碎骨。禹终于回到女娇身边，悲痛万分。众人齐心协力，与共工决战，终于将其打败，天下再无水患。而禹则决定永远陪伴女娇石像，舜屡次征召要让出帝位，禹不为所动。终于某一天，女娇复生，还生下启。禹这时才接受舜的禅让，并请求天帝释放共工，令其戴罪立功，守护百姓。一个太平时代开启了。